而在解谜关卡方面如果说《黑暗之魂》告诉了全世界什么是rpg该有的关卡设计那么《塞尔达传说》则是重新定义了“关卡设计”的含义。
当然《黑暗之魂》是以一种玩家被虐的方式体现的到处都充满着令人绝望的阴谋逼迫着玩家不断受苦、找寻最优解偶尔看见个篝火和捷径简直是要感动到哭；但《塞尔达传说》则是恰恰相反一个小小的神祠里面蕴含着很多的机关和种种不同的元素唯一的挫败感就是尝试了很多方法之后还没有解开的烦躁可一旦解开了玩家们就会为自己的机智疯狂点赞。
整个解谜要素分为三个层级：呀哈哈-神祠-神兽。
呀哈哈的谜题都是相对简单的比如看到水里有一圈浮萍只要从山崖上跳下去落到浮萍中心就可以找到一个；山上有一圈小石头把旁边的石头搬过来放到缺口处又可以找到一个；更复杂一些的需要从水里捞出来铁块摆在一堆铁块上摆成特定的形状又可以找到一个。
而神祠的谜题难度则上升了一个档次。
神祠有不同的类型有些是直接显露在地面上的进去就可以直接挑战；有些是周围布满了荆棘必须采用特殊手段才能进去；有些干脆就是埋藏在地下必须完成支线任务才能开启。
比如在某个高塔上玩家会遇到拉手风琴的鸟人和他对话之后会得到一首诗的信息。根据这首诗的信息玩家要降落到埋在土里的神祠上随着时间的推移等高塔的影子和神祠的位置重叠的时候向着高塔射出一发火箭神祠才会激活。
还有一些神祠隐藏在迷宫中这些迷宫的墙壁全都是比山还要高在林克体力不足的时候根本爬不上去这时候玩家就真的体会到走迷宫的痛苦了。但是等玩家体力全满之后又可以稍微逃逃课直接爬到迷宫顶上找一条捷径。
进入神祠之后玩家必须综合利用自己的各种能力来触发神祠中的种种机关有时候不仅需要一些智慧还需要一定的手速。比如有些机关要求玩家必须在某个瞬间跳起用林克时间射中远处的机关手残玩家必须得尝试很多次才能最终完成。
而四神兽和最终boss战的解谜元素则是达到了最顶级的难度玩家必须通过自己在神祠试炼中得来的种种经验和知识才能过关。
在神兽战之前林克要进入神兽英杰所在的村落完成主线任务获得npc的帮助。
在神兽战的第一阶段林克需要和npc相互配合靠近神兽之后一边抵挡神兽的远程攻击一边是用弓箭射击神兽的红色关键部位让神兽停下。
第二阶段林克会进入神兽内部完成一个复杂的解谜关卡。神兽的关卡从规模上来说远超神祠难度也直线上升。每个神兽的关卡都是精心设计的而且非常符合神兽本身的特色。比如水之神兽就是一只大象在获得神兽的部分控制权以后林克可以操纵大象的鼻子由低到高地变化从而爬上大象头顶或者是用鼻子里喷出来的水冲开机关打开一些之前去不到的区域。
而且这些神兽内部都是完全立体的关卡不仅仅是分层那么简单不同的部位会互相影响玩家必须有很好的立体思维才能解开谜题。为了适应这种关卡设计《塞尔达传说》还专门用了3d透视图作为迷宫地图。