随着忍界联军的正式成立，众忍者们开始迅速地组建起相应的职能部门
以五影为首，在铁之国建立了忍界联军大本营，负责处理汇总的情报，完成各国忍者的调度工作
以木叶奈良鹿久为首，建立了忍界联军的指挥部，负责协助五影分析当前战况，研究并制定相对应的战略方针
以千手纲手为首，组建了忍界联军的医疗部，负责治疗战争中负伤的忍者，并给予战斗中最大限度的医疗保障
以照美冥为首，组建了忍界联军的后勤部，负责供给和补足战争中消耗的物资，给予忍界联军最大的物质保障
以木叶日向一族和油女一族为首，组建了忍界联军的侦察部，负责侦察和掌握敌军动向给予忍界联军视野和情报上最大的支撑
以铁之国三船为首，组建了忍界联军的突袭部，负责配合侦察部完成突袭行动是忍界联军在战场上的机动部队
以四代目雷影艾为首，组建了忍界联军的强攻部，负责对前线的敌军展开猛烈的连续强袭确保了忍界联军在前线战场的冲击力
以宇智波止水为首，组建了忍界联军的奇袭部，负责深入敌军内部，对敌军根据地薄弱处展开毁灭性的打击最大限度地干扰敌军部署
以大蛇丸为首，组建了忍界联军的斩首部，负责狙击敌军强力忍者，对敌军有效战力造成沉重的打击确保忍界联军局部实力占优
以各大国大名为首，组建了忍界大名护卫部，负责保护大名的人生安全，同时负责协同忍界联军进行各种军事行动
在包含了以上众部的前提下，忍界联军划分为5支大部队，每支大部队2万人，由各自的大队长带领，奔赴战场的前线
一大队大队长：两天秤大野木目的地，霜之国与泷之国交界处职责：阻止敌军侵入霜之国
二大队大队长：我爱罗目的地，火之国与川之国交界处职责：阻止敌军侵入川之国
三大队大队长：自来也目的地，火之国与雨之国交界处职责：正面抗衡入侵敌军
四大队大队长：四代目雷影艾目的地，火之国与草之国交界处职责：正面进攻收复失地
五大队大队长：照美冥目的地，水之国职责：护卫各大国大名，以及为前线传输足够的后勤补给
在旗木卡卡西的强烈建议下，御姐鼬代替了宇智波佐助入驻忍界联军大本营，负责统筹调度整个忍界联军的作战
宇智波鬼鲛则在宇智波佐助强烈要求下，留下保护御姐鼬他自己则加入了大蛇丸的斩首部，斩首目标：迪达拉和蝎
漩涡鸣人，则加入了我爱罗的第二大队，与大蛇丸的斩首小队共同行动
奇拉比，二位柚木门则加入了第四大队，与四代目雷影艾的强攻部共同行动
千手纲手跟随自来也的第三大队共同行动，毕竟能压制宇秽土斑的，只有初代火影千手柱间的同款木遁忍术
池寒枫则和萨姆伊则被分配到了第五大队，准备跟随照美冥一起前往水之国
“萨姆伊姐姐想我了没有”
池寒枫一把抱起久别重逢的萨姆伊
“讨厌快放我下来那么多人看着呢这样看上去可就一点都不酷了”
萨姆伊满脸通红地说道，这池寒枫，虽然外形和气质都变了，但是本质上看来还是那个s
“咳咳两位要亲热请等打完仗现在是战时”
照美冥首先看不过去了这尼玛当着老娘的面秀恩爱这还得了